Efectele secundare ale pilulelor contraceptive sunt pozitive si negative in egala masura. Spre exemplu unele cu un nivel mai mare de estrogen ar putea sa le faca pe femei mai suspicioase si mai posesive. Dar printre efectele secundare se numara si rezolvarea sindromului premenstrual si a problemelor legate de acnee.
Iata cateva din efectele secundare ale pilulelor contraceptive.
1. Reduc libidoul. Pilula poate sa scada nivelul de testosteron, hormon responsabil cu libidoul, cel mai probabil deoarece previne ovulatia. In plus, aceasta poate creste nivelul de globulina, substanta care blocheata efectele testosteronului. 
2. Amelioreaza endometrioza. Endometrioza se caracterizeaza prin aparitia unor tesuturi asemanatoare celor care captusesc uterul in alta parte decat in acesta. Pilula insa, desi nu poate sa vindece boala, poate sa amelioreze durerile provocate de aceasta afectiune. Tesuturile endometrului au nevoie de estrogen pentru a supravietui, astfel ca pilulele cu un nivel mai mare de progesteron si unul mai scazut de estrogen sau chiar inexistent incetinesc dezvoltarea acestora.
3. Stimuleaza instinctul matern. Desi este creata pentru a feri femeile de o sarcina nedorita, pilula poate sa stimuleze instinctul matern, dupa cum a aratat un studiu. Cercetatorii sunt de parere ca marirea nivelului de hormoni din organism dezvolta dorinta unei femei de a ingriji un copil.
4. Maresc creierul. Potrivit unei cercetari ample, pilula poate face ca dimensiunea creierului unei femei sa creasca cu 3%. Zonele asociate cu memoria, dialogul si abilitatile sociale sunt mai mari la femeile care iau pilule.
5. Amelioreaza anemia. Femeile care au menstruatii abundente suferea adesea de deficienta de fier (anemie feripriva) pentru ca pierd prea mult sange, dar pilulele pot ameliora aceasta deficienta datorita progesteronului.
6. Declanseaza stari depresive. Oscilatiile de dispozitie sufleteasca, depresia si iritabilitatea sunt simptome comune femeilor care iau progesteron sintetic deoarece acesta duce la cresterea nivelului unor enzime care afecteaza serotonina, o substanta responsabila cu starea de bine.
7. Pot duce la alegerea unui partener nepotrivit. Femeile "simt" un partener cu care sunt compatibile genetic, insa acest instinct le poate fi alterat de pilula, astfel ca pot face o alegere gresita. In plus, s-a aratat ca femeile care iau pilule tind sa-si aleaga parteneri cu un aspect nu foarte masculin.
